Hot Autumn

 

Not too many years ago,  "hot autumn" had a precise meaning in Italy. It was a way of indicating trade union uprisings/demands.

In our day, we are no longer preparing to see workers' revolts. Still, the hot autumn we are preparing to experience is linked to the virus accompanying our daily lives for 18 months now.

Premise: All the indicators, from the incidence to the hospital beds occupancy, are decreasing. A big difference from a year ago, when the first two weeks of September showed a rapid epidemic growth.

Yet, everyone is worried about the arrival of autumn given schools starting and the resumption of indoor activities. And here is that "hot autumn" returns to make its way into the common lexicon. But what will really happen in the next few weeks? Long-term forecasts are always full of uncertainty, making them is a gamble given the variables that come into play. However, we can say something without fear of being wrong: "this autumn will be different from that of 2020".

It is plausible that the reopening of schools, the full resumption of production activities, and public transport under pressure, will help change the infection trend again this year. However, something has changed. Something substantial has changed. Last year the population was fully susceptible to the virus, unprotected by vaccines. We know how the evolution of the epidemic curve depends on three crucial factors:

1. The average number of contacts of each individual.
2. The probability that an infected person will infect another person by increasing infectivity.
3. The time of infectivity of the disease.

Last year we could only check the first term. And to contain the epidemic, we adopted the closure of activities, which made the curve go down slowly.

With the introduction of vaccines, we can affect the likelihood of infecting and the time of infectivity, that is, how long one remains contagious. A study published in Nature (https://www.nature.com/articles/d41586-021-02187-1) tells us that thanks to vaccines, the infectivity time has been halved, from two to a week, and the probability of infecting is very low. Then, although the Delta is more contagious than the original strains, it has a shorter latency time (the incubation period of the disease in which it is spreadable but without symptoms). From an average of six days, it is now four (https://www.nature.com/articles/d41586-021-01986-w). Thanks to the vaccines, the descent of the curve took place much faster.

So are we out of it? No!

We are in that phase in which it is necessary to understand which of the components driving the epidemic will have the most significant weight. Let's imagine one of those beautiful scales with two plates. On the one hand, the number of contacts per person will increase, with the resumption of productive activities and the school (with everything that revolves around the school). On the other hand, the share of vaccinated people will continue to increase. We move towards the so-called population immunity, significantly reducing the likelihood of getting infected in the vaccinated population (the data already demonstrate this). Which way the scales will hang is early to say, but at least in this hot autumn, we have something to counterbalance the increase in the number of contacts.

And then we always remember that "Unreliable predictions about COVID ‐ 19 infections and hospitalizations make people worry" (www.dx.doi.org/10.1002/jmv.27325)

Autunno Caldo

 Non troppi anni fa, l’autunno caldo aveva un significato ben preciso. Si trattava di un modo per indicare le rivolte/rivendicazioni sindacali.

Ai nostri giorni, non ci apprestiamo più a vedere rivolte operaie, ma l’autunno caldo che ci prepariamo a vivere è legato al virus che ormai accompagna giornalmente la nostra vita da 18 mesi.

Premessa: tutti gli indicatori, dall’incidenza all’occupazione dei posti letto, sono in discesa. Una bella differenza rispetto ad un anno fa, in cui le prime due settimane di settembre mostrarono una rapida espansione dell’epidemia.

Eppure, tutti sono preoccupati dall’arrivo dell’autunno, tra scuole e ripresa delle attività al chiuso. Ed ecco che “l’autunno caldo” torna a far breccia nel lessico comune. Ma cosa accadrà realmente nelle prossime settimane? Le previsioni di lungo termine sono sempre ricche di incertezza, farle è un azzardo viste le variabili che entrano in gioco. Qualcosa, però, lo possiamo affermare senza timore: “questo autunno sarà diverso da quello del 2020”.

E’ plausibile che la riapertura delle scuole, la piena ripresa delle attività produttive, i trasporti pubblici sotto pressione, che l’anno scorso fecero da miccia al contagio, potranno contribuire a modificare l’andamento del contagio anche quest’anno. Tuttavia, qualcosa è cambiato. Qualcosa di sostanziale è cambiato. L’anno scorso la popolazione era completamente suscettibile al virus, non protetta dai vaccini. L’evoluzione della curva epidemica sappiamo dipendere da tre fattori cruciali: 1) il numero medio di contatti di ogni individuo; 2) la probabilità che un contagiato infetti un’altra persona facendo aumentare l’infettività; 3) il tempo di infettività della malattia. Lo scorso anno potevamo controllare solo il primo termine. E per contenere l’epidemia abbiamo adottato le chiusure, che hanno fatto scendere la curva lentamente.

Adesso, con l’introduzione dei vaccini, possiamo influire sulla probabilità di contagiare e sul tempo d’infettività, cioè per quanto tempo si rimane contagiosi. Uno studio apparso su Nature (https://www.nature.com/articles/d41586-021-02187-1) ci dice che grazie ai vaccini il tempo di infettività si è dimezzato, da due a una settimana e la probabilità di infettare è molto ridotta. Poi, sebbene la Delta sia più contagiosa dei ceppi originari, ha un tempo più breve di latenza, il periodo di incubazione della malattia in cui si è contagiosi ma senza sintomi: da una media di sei giorni siamo passati a quattro (https://www.nature.com/articles/d41586-021-01986-w). Grazie ai vaccini, così, la discesa della curva è avvenuta molto più velocemente.

E allora ne siamo fuori? No!

Siamo in quella fase in cui c’è da capire quale delle componenti che trainano l’epidemia avrà il peso maggiore. Immaginiamo una di quelle bellissime bilance con due piatti. Da un lato, il numero di contatti per persona aumenterà, con il riprendere delle attività produttive e della scuola (con tutto quello che ruota intorno alla scuola). Dall’altro, la quota di persone vaccinate continuerà ad aumentare, verso la cosiddetta immunità di popolazione, riducendo di molto la probabilità di infettarsi nella popolazione vaccinata (i dati già lo dimostrano). Da che parte penderà la bilancia è presto per dirlo, ma almeno in quest’autunno caldo abbiamo qualcosa per controbilanciare l’aumento del numero di contatti.

E allora ricordiamo sempre che “Unreliable predictions about COVID‐19 infections and hospitalizations make people worry” (www.dx.doi.org/10.1002/jmv.27325)

To open or not to open?

 

To open or not to open? "Calculated risk", but by whom and, above all, how? To assess the risk, someone should tell us what the expectations are, with their confidence intervals, for deaths, hospitalizations, change in GDP, number of failed businesses with and without scheduled openings.

Then reading the newspapers, the feeling is that someone is no longer a researcher or a scientist or a politician, but a "closure" or "opener" regardless of the data.

Let's clarify: the novelty is the possibility of passing in the yellow area, slightly lightened by the dinner at the restaurant in open spaces and by the school in the presence (also in orange). It is not an "everything open".

The restrictions are and will always be based on the analysis of data available at the regional level. Making decisions at the provincial level would be the way forward, but who controls them? Seeing Sardinia in the red zone and Calabria in orange raises more than a few doubts about the monitoring system.  But this is another, unfortunately, usual, story of skills that are not used.

How will the infection evolve if the yellow colour is assigned to a region still at risk? We know that we often close late and open too early. We know that in the yellow area, there is the possibility of an increase in infections.

The questions we ask ourselves are two.

1. How much will seasonality affect the evolution of the contagion? We cannot know this based on last year's experience: last year we were in a very different situation. We reopened in the summer after an extended total closure.

2. If the contagion were to spread more in absolute terms, how much will the vaccinations do now affect reducing deaths and hospitalizations? We can quickly expect an increase in the incidence mainly reserved for younger ages, who currently seem to run a greater risk than a year ago.

Analyzing the age distribution of hospitalizations, the infection network, the length of hospitalization, here is what could answer both questions. The data? They are not public. Many are not collected correctly or are not registered at all.

We also ask ourselves how many deaths we will still have to count every day. In this sense, vaccination is protecting the most vulnerable and the elderly. It is still too early to draw conclusions, but the lethality rate has dropped, and the examples of Israel and the UK bode well. Of course, with 300 deaths a day, it is difficult to speak of a return to normal. Given the vaccination rates, it still takes a couple of months to reach a sufficient proportion of first doses, plus the time for immunity, plus the time to see an effect on the death curve.

So? Really, after 15 months spent analyzing the evolution of the epidemic, are there those who are crying out for the re-establishment of the yellow zone? Ok, it will be a slightly different yellow zone. However, let's face it, even the red areas of these last few weeks have been much less red than in the past; indeed, the only red colour was that the restaurants and schools were closed.

The boys/children are often asymptomatic and are sent to school without any fear. It would be enough to do swabs continuously to reduce the risk. Too many costs, too much time? There are ways to reduce costs and time. Process the swabs in groups. Develop risk priority screening strategies. Modulate the screening frequency based on the observed incidence. There is a way to save without reducing the effectiveness of monitoring.

And at the end of it all, if we don't carry out checks, we can stay here and talk as much as we want, but there will never be anyway to contain the contagion.

Riaprire o non riaprire?

 

Aprire o non aprire? “Rischio calcolato”, ma da chi e, soprattutto, come? Per valutare il rischio, qualcuno dovrebbe dirci quali sono le attese, con i loro intervalli di confidenza, per decessi, ospedalizzazioni, variazione di PIL, numero di imprese fallite con e senza le aperture programmate. 

Leggendo poi i giornali, l’impressione è che qualcuno non sia più ricercatore o scienziato o politico, ma “chiusurista” o “aperturista” a prescindere dai dati.

Chiariamo: la novità è la possibilità di passare in zona gialla, leggermente schiarita dalla cena al ristorante in spazi aperti e dalla scuola in presenza (anche in arancione). Non è un “apri tutto”.

Le restrizioni sono e saranno sempre basate sull’analisi dei dati disponibili a livello regionale. Prendere decisioni a livello provinciale sarebbe la strada da seguire, ma poi chi controlla? Certo vedere la Sardegna zona rossa e la Calabria arancione fa sorgere più di qualche dubbio sul sistema di monitoraggio, ma questa è un’altra, purtroppo la solita, storia di  competenze che non vengono utilizzate. 

Come evolverà il contagio se viene assegnato il colore giallo aduna Regione che ancora è a rischio? Sappiamo che, spesso, abbiamo chiuso tardi e aperto troppo presto. Sappiamo che in zona gialla c’è la possibilità di un aumento dei contagi. 

Le domande che ci poniamo sono due. 

1. Quanto inciderà la stagionalità? Questo non possiamo saperlo sulla base dell’esperienza dell’anno scorso: l’anno scorso eravamo in una situazione molto diversa, abbiamo riaperto in estate dopo una lunga chiusura totale. 

2. Se anche il contagio si dovesse diffondere maggiormente in termini assoluti, quanto incideranno le vaccinazioni fatte fino ad ora nel ridurre decessi e ospedalizzazioni? Ci si può facilmente aspettare un incremento dell’incidenza principalmente riservato alle età più giovani, che attualmente sembrano correre un rischio maggiore rispetto ad un anno fa. 

Analizzare la distribuzione per età dei ricoveri, il network di contagio, la durata della degenza, ecco cosa ci potrebbe dare risposte ad entrambe le domande. I dati? Non sono pubblici, molti non vengono raccolti in maniera corretta o non sono registrati affatto. 

Ci interroghiamo anche su quanti morti dovremo ancora contare ogni giorno. In tal senso la vaccinazione sta mettendo al riparo i più fragili e gli anziani. Ancora è presto per trarre conclusioni, ma il tasso di letalità è diminuito, e gli esempi di Israele e UK sono di ottimo auspicio. Certo che con 300 morti al giorno è difficile parlare di ritorno alla normalità. Visti i tassi di vaccinazione un paio di mesi ancora ci vogliono per raggiungere una proporzione sufficiente di prime dosi, più i tempi per l’immunità, più i tempi per vedere un effetto sulla curva dei decessi. 

E allora? Davvero dopo 15 mesi di analisi dell’evoluzione dell’epidemia c’è chi grida allo scandalo per l’istituzione nuovamente della zona gialla? Sì, è vero, sarà una zona gialla un po’ diversa. Però, diciamolo, anche le zone rosse di queste ultime settimane sono state molto meno rosse che in passato; anzi, di rosso c’era solo che i ristoranti e le scuole restavano chiusi.

I ragazzi/bambini sono spesso asintomatici e vengono mandati a scuola senza alcun timore. Basterebbe fare tamponi in modo continuativo per ridurre il rischio. Troppi costi, troppo tempo? Esistono modi per ridurre costi e tempi. Elaborare i tamponi in gruppi. Elaborare strategie di screening per priorità di rischio. Modulare la frequenza di screening in base all’incidenza osservata. Il modo per risparmiare senza ridurre l’efficacia del monitoraggio, c’è.

E alla fine di tutto, se non si fanno controlli a tappeto possiamo stare qui a parlare quanto vogliamo, ma non ci sarà mai alcun modo di contenere il contagio.

From the Red Zone

 

"If he has a science degree and says what you want, then that's ok." This sentence contains what happens daily in Italian communication. One has a specific opinion, and one is looking for someone with a proper scientific title ready to support it.

Our work is not like that. We are not here to support the views of some at the expense of others. To be authoritative, research must leave out personal opinions; otherwise, it loses credibility. We, too, and the results of our analyzes are often questioned. It is mostly part of the game. Talking, telling, doing research exposes researchers to criticism and comments.

The highly unpleasant part is that some comments, even from esteemed colleagues, are not carried at the scientific level but go beyond the academic domain to become personal attacks.

Our firm stance on managing epidemic data may reasonably dislike some and can be manipulated by others.

But we are not on that level. In both cases, our contribution is of a practical nature. It wants to lead to targeted interventions for better management of the situation, which remains an emergency. The controversy, the political manipulation, is of no interest to us.

Someone asks us, "what are you proposing?", It is easy to criticize, much more difficult to build.

In recent months, our scientific works (results verified and scrutinized by other technicians) have been (and are being) published in influential journals in the statistical field and beyond. We have built forecasting models that can (could have been) used by policymakers. We are not the only ones (RobBayes, Covistat). The concrete proposals are manifold. For example, unemployed people could be hired to resume contact tracing. Implement rapid monitoring campaigns in schools, administer salivary swabs to students, and process them with the pooled sample testing technique. In this technique, five (or more) swabs are analyzed together in the laboratory.  If the pooled sample is negative, all the individual swabs are negative, and no further analysis is required; if the pooled sample is positive, the five swabs are examined again one by one to identify the positive (s). (a technique that saves a lot of time and money, and that we had proposed, unheard, already a year ago).

Furthermore, it would be appropriate to use university laboratories so as not to further burden public health. Establish surveillance samples managed by Istat, which has all the skills to select and manage them. Again employing the same personnel trained ad hoc and hired for the occasion in the operational management. Create a network of regional laboratories that, in turn, sequencing a large number of positive swabs weekly to determine the effective spread of the variants. In short, the concrete proposals are not lacking at all: for months, the statisticians, all together, tried to raise their voices and made themselves heard. Our group is just a vehicle for this voice.

Yet, some still think it is all based on personal interest, a longing for visibility. Those who know us know that we have a strong sense of institutions. We identify ourselves with the state with the institutions we work for. Like everyone else, we can't wait for this moment to pass to return to our lives, made up of dinners, soccer, sea, mountains, family, tango, aikido, and above all, travel.

And for today from the red zone (of shame), that's all.

Dalla Zona Rossa

 

“Se ha una laurea scientifica e dice quello che vuoi, allora va bene”. Questa frase racchiude quello che succede quotidianamente nella comunicazione. Si hanno delle opinioni e si cerca qualcuno titolato pronto a supportarle. 

Il nostro lavoro non funziona così. Non siamo qui a supportare le opinioni di alcuni a discapito di altri. La ricerca per essere autorevole deve lasciar fuori le opinioni personali, altrimenti perde di credibilità. Anche noi e i risultati delle nostre analisi spesso veniamo messi in discussione. Un po’ fa parte del gioco. Parlare, raccontare, fare ricerca ti espone a critiche e commenti. 

La parte meno piacevole è che alcuni commenti, anche di stimati colleghi, non siano posti sul piano scientifico, ma travalichino l’aspetto accademico per diventare attacchi personali. 

La nostra decisa presa di posizione sulla gestione dei dati dell’epidemia è ovvio che non faccia piacere a qualcuno e che invece possa essere strumentalizzata da altri. 

Noi però non ci stiamo. In entrambi i casi, il nostro contributo è di natura pratica, vuole portare ad interventi mirati per una migliore gestione della situazione, che resta emergenziale. La polemica, la strumentalizzazione politica, non è per noi di alcun interesse.

Qualcuno ci chiede “cosa proponete?”,  è facile criticare, molto più difficile costruire.

In questi mesi, i nostri lavori scientifici (argomentazioni verificate e scrutinate da altri tecnici) sono stati e sono in corso di pubblicazione  su riviste importanti in ambito statistico e non solo. Abbiamo costruito modelli di previsione che possono (avrebbero potuto essere) utilizzati dai decisori politici. Non siamo gli unici (RobBayes, Covistat…). Le proposte, concrete, sono molteplici. Si potrebbero, ad esempio,  assumere i disoccupati per riprendere il contact tracing. Realizzare campagne rapide di monitoraggio nelle scuole, somministrando tamponi salivari agli allievi e processandoli con la tecnica del  pooled sample testing, in cui  cinque (o più)  tamponi vengono analizzati insieme in laboratorio: se il pooled sample risulta negativo, significa che tutti i singoli tamponi sono negativi e non occorre fare altre analisi; se il pooled sample  è positivo, si torna ad esaminare i cinque tamponi uno per uno per individuare il (o i) positivo/i.  (una tecnica che fa risparmiare moltissimo tempo e denaro, e che avevamo proposto, inascoltati, già un anno fa). Ancora, sarebbe opportuno usare i laboratori universitari in modo da non gravare ulteriormente sulla sanità pubblica. Istituire dei campioni di sorveglianza, gestiti dall’Istat che ha tutte le competenze per selezionarli e gestirli, sempre impiegando nella gestione operativa degli stessi personale formato ad hoc e assunto per l’occasione. Creare una rete di laboratori regionali che, a turno, sequenzino settimanalmente un elevato numero di tamponi positivi per determinare l’effettiva diffusione delle varianti. Insomma, le proposte concrete non ci mancano affatto: sono mesi che gli statistici, tutti insieme, provano ad alzare la voce e a farsi sentire. Noi siamo solo un mezzo.

Eppure c’è chi ancora pensa che sia interesse personale, brama di visibilità. Chi ci conosce sa che abbiamo uno spiccato senso delle istituzioni, noi ci identifichiamo con lo stato, con le istituzioni per cui lavoriamo. Non vediamo l’ora, come tutti, che questo momento passi per tornare alle nostre vite, fatte di cene, calcetto, mare, montagna, famiglia, tango, aikido, e soprattutto viaggi. 

E per oggi dalla zona rossa (di vergogna) è tutto.

A year has gone by

 

Weekly incidence per 100thousand inhabitants starting from October 2021

A year has gone by since the start of the pandemic. We managed to set up a research group starting from a Facebook chat without  (almost) ever meeting in person. We set up monitoring and forecasting models, verifying their reliability and accuracy, day by day, before making them public. We had them evaluated and commented on by other colleagues, who felt they were valid for publication in prestigious scientific journals. We started national and international collaborations, made a ton of seminars, talked to journalists, and made friends with many beautiful and new people. In short, we started "a pandemonium" to study, propose, imagine solutions and actions in this terrible moment. And we are only 5. In Italy, there are many people of great competence on various subjects (sample design, for example), and they, like us, think, propose, imagine. Brains at work everywhere, some international excellences involved, a truly extraordinary scientific debate. Still, something is not working. There really is something wrong.

With all this intelligence, expertise, and tons of ideas available, what is the only solution currently available to "manage" the epidemic? Lockdown…. Despite this is  (see the plot above) the weekly incidence situation in the Italian regions. The CTS and consequently the government use Rt estimated using Lombardy information at the beginning of March 2020 as a starting point and other methodological "subtleties" that we better not comment on. There is no statistical culture. There is a lack of adequate skills to analyze data. We have proposals. All of us statisticians have been working since March 2020 to make them available to decision-makers. Are you sure that there is no better approach than the use of Rt and a deterministic flow chart to decide on the everyday life of all of us?

Come un anno fa

 

È passato un anno dall’inizio della pandemia. Noi siamo riusciti a mettere in piedi un gruppo di ricerca a partire da una chat di Facebook e senza mai incontrarci di persona (o quasi). Abbiamo messo in piedi modelli di monitoraggio e di previsione verificandone l’affidabilità e l’accuratezza, giorno per giorno, prima di renderli pubblici. Li abbiamo fatti valutare e commentare da altri colleghi, che hanno ritenuto fossero validi per essere pubblicati su riviste scientifiche di prestigio. Abbiamo avviato collaborazioni nazionali e internazionali, fatto un quintale di seminari, parlato con i giornalisti, e fatto amicizia con molte persone belle e nuove. Abbiamo insomma armato “una gran caciara” per studiare, proporre, immaginare soluzioni e azioni in questo momento terribile. E siamo solo 5. In Italia ci sono moltissime persone di grande competenza, su svariati temi (disegno campionario ad esempio) e costoro, come noi, riflettono, propongono, immaginano. Cervelli al lavoro in ogni dove, alcune eccellenze internazionali coinvolte, un dibattito scientifico davvero straordinario. Eppure, qualcosa non funziona. Davvero c’è qualcosa che non va. Con tutta questa intelligenza, competenza e tonnellate di idee a disposizione qual è l’unica soluzione al momento disponibile per “gestire” l’epidemia? Chiudere tutto…. Nonostante questa sia la situazione dell’incidenza settimanale nelle varie regioni. Il CTS e di conseguenza il governo, utilizza Rt stimato usando informazioni relative alla Lombardia a inizio marzo 2020 come punto di partenza e altre “finezze” metodologiche che lasciamo stare. Manca la cultura statistica, mancano le competenze adeguate per analizzare i dati. Proposte ne abbiamo. Tutti noi statistici lavoriamo da tempo per metterle a disposizione dei decisori. Sicuri che non ci sia un approccio migliore che l’uso di Rt e di un diagramma di flusso deterministico per decidere della quotidianità di tutti noi?

Birthday

 

A year ago - on March 3, 2020 - StatGroup-19 was born. It was born spontaneously, without the awareness of a future, not even near. Then, listening to people's confusion and doubts, we tried to understand and explain the epidemic. And a year has passed, quickly. It's time for birthdays, and birthdays are also moments for reflection. A year has passed in which we have studied, written, discussed, criticized, collaborated, published. An intense, tiring, tough year for us as well as for everyone. But there is also the satisfaction of having tried to give a fact reading. To explain reality complexity, foresee and understand how to manage the situation.

It's been a year, and how are we? Reading posts and some newspapers, it seems to be March 2020. But we are in 2021:

• We have vaccinated almost 1 million people over 80s.
• We have targeted closures.
• We know much, much better the virus.

What does not change is the inability to communicate correctly by both the institutions and some newspapers. The pursuit of the headline is paroxysmal, and now if you don't shout "we'll all die", you won't be published. This crying to call "Wolf, wolf", for which the cries were the same in August, and October 2020, did not help perceive fundamental nuances. We are always in the same positions. No, we will not all die. We will have to be careful for a long time to come. We now have all the tools to do this. We will get out of it. Will the economy also emerge? The social fabric? If we can seize the opportunities we have, we could grow instead of collapsing.

We will continue to read the data, make short-term predictions, and write posts every now and then.

Happy birthday to us and to those who read StatGroup-19 😉

Compleanno

 

Un anno fa - il 3 Marzo 2020 - nasceva StatGroup-19, nasceva spontaneamente, senza la consapevolezza di un futuro, nemmeno prossimo. Poi, ascoltando lo smarrimento e i dubbi delle persone, abbiamo cercato di capire e spiegare l'epidemia. Ed è passato un anno, velocemente. È tempo di compleanni, e ai compleanni si fanno anche bilanci. E’ passato un anno in cui abbiamo studiato, scritto, discusso, criticato, collaborato, pubblicato. Un anno intenso, faticoso, duro per noi come per tutti. Ma c’è anche la soddisfazione per aver provato a dare una lettura dei fatti, a spiegare la loro complessità, a prevedere e comprendere come gestire la situazione.

È passato un anno e come stiamo? Leggendo post e alcuni giornali sembra di essere a Marzo 2020. Ma siamo nel 2021: abbiamo vaccinato quasi 1 milione di over 80, abbiamo chiusure mirate, e conosciamo molto molto meglio il virus. Quello che non cambia è l‘incapacità di comunicare correttamente da parte sia di parte delle istituzioni, che di alcuni giornali. L'inseguimento del titolone è parossistico, e ormai se non si grida al "moriremo tutti" non si pubblica. Questo “Al lupo al lupo” per cui le grida erano uguali ad Agosto e ad Ottobre 2020 non ha aiutato a percepire sfumature fondamentali. Noi siamo sempre sulle stesse posizioni. No, non moriremo tutti. Dovremo fare attenzione, ancora per molto. Abbiamo ora tutti gli strumenti per farlo. Ne usciremo. Ne uscirà anche l’economia? Il tessuto sociale? Se saremo capaci di cogliere le opportunità che abbiamo, potremmo crescere invece di crollare.

Noi continueremo a leggere i dati, a fare previsioni a breve termine, e a scrivere post ogni tanto.

Buon compleanno a noi, e a chi legge StatGroup-19

Scientists and stage

Scientists are creatives, a bit like artists. As artists, they live in very competitive environments, developing great determination during their working lives. And, again, like artists, many develop a hypertrophic ego. Scientific rigour takes a back seat; professional ethics is bent for the benefit of oneself and the headline in the newspaper. One becomes accomplices of low-grade journalism, calling "unequivocal evidence" something that is ONLY a correlation. Thundering, later on, against an equally pompous colleague, shouting "correlation is not causation" (in English, which is more like modern culture).

The scientist is human, subject to desires and passions, and, above all, to responsibilities. Particularly now, in a moment where the confusion is at its peak. A time in which the ego-maniacs, by shouting everything and the opposite of everything, have made science an opinion.

Scienziati e palcoscenico

 

Gli scienziati sono dei creativi, un po' come gli artisti. Come gli artisti vivono in ambienti molto competitivi, quindi sviluppano una grande determinazione durante la vita lavorativa. E, sempre come gli artisti, molti sviluppano un ego ipertrofico. Il rigore scientifico passa in secondo piano, la deontologia professionale viene piegata a beneficio di sé e del titolo sul giornale. Si diventa complici del giornalismo di bassa lega, chiamando "evidenza chiarissima' un qualcosa che è SOLO una correlazione. Per poi tuonare contro un collega altrettanto tronfio, al grido di" correlation is not causation" (in inglese che fa più cultura moderna).

Lo scienziato è umano, soggetto ai desideri e alle passioni, ma anche, e soprattutto, alle responsabilità. In modo particolare ora, in questo momento in cui la confusione è enorme, in cui gli egomaniaci, a furia di gridare tutto e il contrario di tutto, hanno reso la scienza un'opinione.

Lockdown: yes, no, maybe. The problem is why.

On this cold February Sunday, the most prominent Italian national newspapers' reading provides insights that we didn't see in a while. After the lottery on ministers of the new government, the catch click-phrase is back: "let's close everything, national lockdown, the English variant leaves no other choice". The situation is known to everyone. Skytg24 tells the state of the epidemic every day in "The Numbers of the Pandemic". We are in a stalemate. The curves of the various indicators are slowly falling. Everyone's attention must be maximum because it takes a little distraction to see the situation worsen again.

The graph we report shows a simple classification of the Italian regions according to two thresholds: intensive care occupation (above 30%) and incidence (above 250 per 100 thousand inhabitants). If a region exceeds one of the two thresholds, it becomes orange, if it crosses both red. Otherwise, it remains yellow. Nothing complicated, a simple representation, which, monitored weekly, provides some information on the epidemic's progress. We have seen worse times.

Today we talk about the lockdown, again. Why? With what goal? In analyzing the various opinions, it is precisely the goal that does not seem clear, nor even explicit. Let's try to imagine what objectives can be achieved through a lockdown.

Objective 1: local extinction of the epidemic. You want to eliminate the virus from the area of ​​interest. For this purpose, a total lockdown is useful, to get up to zero cases per day for a sufficient period (one / two complete incubation cycles, i.e. 14/28 days). Strict isolation and quarantine measures are obviously fundamental. Stringent epidemiological surveillance is subsequently indispensable, particularly on entrances from outside the territory.

Objective 2: mitigating the effects of the spread of the epidemic, with the minimization of deaths. The lockdown is not necessary, except as a last resort. A good Test, Track and Treatment / Isolation / Quarantine (TTT) strategy is sufficient. When the TTT capacity is lost in an area (there are now standardized indicators). A prompt and brief lockdown (limited to that area) is necessary until control of the situation is resumed.

Objective 3: mitigating the effects of the epidemic's spread to avoid the collapse of the health system. In this case, too, the lockdown is not necessary, except as a last resort. Serious monitoring (we have the indicators) of the pressure on the health system, linked to the definition of risk levels of collapse, generally avoids the lockdown.

Here http://dx.doi.org/10.23812/21-3-E it says "It has been noted that the spreading rate of the British variant could be greater than 70% of cases compared to the normal SARS-CoV -2 virus, with an R index growth of 0.4 ." As it is written, this sentence admits a substantial lack of strong evidence, obtained through well-designed studies and analyzed with solid statistical methods. We would not like to accept the idea that if one cannot explain something, one can blame the current virus variant.

Lockdown: sì, no, forse. Il problema è il perché.

In questa fredda domenica di febbraio, la lettura delle principali testate nazionali fornisce spunti come non succedeva da un po’. Terminato il toto-ministri, riecco il nuovo tormentone: “chiudiamo tutto, lockdown nazionale, la variante inglese non lascia altra scelta”. La situazione è nota tutti. Skytg24 racconta lo stato dell’epidemia ogni giorno ne “i Numeri della Pandemia”. Siamo in una fase di stallo, le curve dei vari indicatori scendono lentamente, l’attenzione deve essere massima da parte di tutti, perché basta poco per riveder peggiorare la situazione. 

Nel grafico riportiamo una semplice classificazione delle regioni secondo due soglie: occupazione delle terapie intensive (oltre il 30%) e incidenza (oltre 250 per 100mila abitanti). Se si supera una delle due soglie sei arancione, se le superi entrambe rosso, se no resti giallo. Nulla di difficile, una semplice rappresentazione, che, monitorata settimanalmente, fornisce piccole informazioni sull’andamento dell’epidemia.  Abbiamo visto momenti peggiori.

Oggi si riparla di lockdown. Perché? Con quale obiettivo? A leggere le varie opinioni, è proprio l’obiettivo che non sembra essere chiaro, né tantomeno esplicitato. Proviamo ad immaginare quali obiettivi possono essere perseguiti tramite un lockdown.

Obiettivo 1: estinzione locale dell’epidemia. Si vuole eliminare il virus dall'area di interesse. A questo scopo è utile un lockdown totale, fino ad arrivare a zero casi al giorno per un periodo sufficiente (uno/due cicli di incubazione completa, cioè 14/28 giorni). Misure rigide di isolamento e quarantena sono ovviamente fondamentali, e una sorveglianza epidemiologica molto rigida è indispensabile successivamente in particolare sugli ingressi dall'esterno del territorio.

Obiettivo 2: mitigazione degli effetti della diffusione dell’epidemia, con minimizzazione dei decessi. Il lockdown non è necessario, se non come estrema ratio. È sufficiente una buona strategia di Test, Tracciamento e Trattamento/isolamento/quarantena (TTT). Nel momento in cui in una area si perde la capacità di TTT (esistono indicatori standardizzati, ormai), è necessario un tempestivo e breve lockdown (solo nell'area) fino a ripresa del controllo della situazione.  

Obiettivo 3: mitigazione degli effetti della diffusione dell’epidemia, per evitare il collasso del sistema sanitario. Anche in questo caso, il lockdown non è necessario, se non come estrema ratio. Un serio monitoraggio (gli indicatori li abbiamo) della pressione sul sistema sanitario, legato alla definizione di livelli di rischio di collasso, consente in genere di evitare il lockdown.

Qui http://dx.doi.org/10.23812/21-3-E c’è scritto "It has been noted that the spreading rate of the British variant could be greater than 70% of cases compared to the normal SARS-CoV-2 virus, with an R index growth of 0.4" è la stessa forma della frase che ammette una sostanziale mancanza di evidenze forti, ottenuta sulla base di studi ben disegnati e analizzati con solidi metodi statistici. Non vorremmo passi l’idea che se non sai spiegare qualcosa, allora puoi dare la colpa alla variante.

 

One, none, one hundred thousand or two, is better than one?

 

What color are we today? It is the question we ask the first person we see every morning. As in the children's game "witch commands color," we stopped asking ourselves the reason for the choice of color, almost resigned. We talked about 21 indicators, designed and built to decide what we can and cannot do. Too many, redundant, and based on too old data to provide a timely response in an emergency. We discovered what Rt was and that a few decimals of Rt are precious to remain "yellow" and not pass "orange." As if there was only one way to estimate Rt. As if fixing the generation time needed to estimate Rt at the estimated values ​​for Lombardy in February made some logical sense. Rt, like the North Star of Italian epidemiology. Perhaps the only thing that everyone knows how to calculate given there is EpiEstim in R that does it for us.

In our opinion, decisions are best made on observed and updated data. Remember that data heterogeneity is already considerable (public data are anything but "clean"). Then why make everything even more uncertain by estimating values ​​whose reliability we do not know?

Suppose our aim is to block an area when the pressure on the health system is potentially unsustainable. In that case, we must use indicators that take it into account and indicators that allow us to understand the infection's state. There are many ways to follow, but we have been taught that we must start from simple things and, if not sufficient, move towards more complex approaches.

So let's start from here: not just one indicator but two. For example, let's take the weekly incidence (on the population residing in a region) and the average employment of the weekly intensive care units compared to the number of beds. With these two indicators on a graph, establishing, as an example, the two thresholds (30% for intensive care and 250 infections per 100 thousand inhabitants) already used by the government or proposed by the CTS, we obtain what is shown in the graph: Marche, Friuli, Trentino and Veneto in the red zone, 5 regions in the orange zone and the rest yellow.

It must be said that the situation is complicated. For example, Calabria carries out less than 1500 swabs per week per thousand inhabitants, bringing up the country's rear. It seems that it does not carry out surveillance activities. Maybe two indicators based on observed data are not enough, but at least we know exactly why we are yellow today and orange tomorrow.

Uno, nessuno, centomila oppure two is megli che uan?

Di che colore siamo oggi? E’ la domanda che ogni mattina facciamo alla prima persona che vediamo. Come nel gioco “strega comanda colore” abbiamo smesso di chiederci il perché della scelta del colore, quasi rassegnati. Abbiamo parlato di 21 indicatori, pensati e costruiti per decidere su ciò che possiamo e non possiamo fare. Troppi, ridondanti e basati su dati sempre troppo datati per fornire una risposta tempestiva in caso di emergenza. Abbiamo scoperto cosa fosse Rt e che pochi decimali di Rt sono preziosi per rimanere “gialli” e non passare “arancioni”. Come se ci fosse solo un modo per stimare Rt, come se fissare il tempo di generazione, necessario alla stima di Rt, ai valori stimati per la Lombardia a febbraio avesse qualche senso logico. Rt, come stella polare dell’epidemiologia italiana; forse l’unica cosa che sanno calcolare tutti, visto che c’è EpiEstim in R che lo fa per noi. 

A nostro avviso, le decisioni è meglio prenderle sui dati osservati e aggiornati. Visto che la loro eterogeneità è già grande (i dati pubblici sono tutt’altro che “puliti”), perché rendere tutto ancor più incerto andando a stimare valori di cui non conosciamo l’affidabilità?

Se il nostro scopo è bloccare una zona quando la pressione sul sistema sanitario è potenzialmente insostenibile, dobbiamo utilizzare indicatori che ne tengano conto e indicatori che ci permettano di capire lo stato del contagio. Le strade da seguire possono essere molteplici, ma ci hanno insegnato che si debba partire da cose semplici e, se non sufficienti, muoversi verso approcci più complessi.

E allora cominciamo da qui: non un solo indicatore ma due. Ad esempio prendiamo l’incidenza settimanale (sulla popolazione residente in una regione) e l’occupazione media delle terapie intensive settimanale rapportata al numero di posti letto. Con questi due indicatori su di un grafico, stabilendo, come esempio, le due soglie (30% per le terapie intensive e 250 contagi per 100mila abitanti) già utilizzate dal governo o proposte dal CTS, si ottiene quanto riportato nel grafico: Marche, Friuli, Trentino e Veneto in zona rossa, 5 regioni in zona arancione e il resto giallo. 

Va  detto che la situazione è complessa, ad esempio la Calabria effettua meno di 1500 tamponi settimana per mille abitanti, fanalino di coda del paese, sembra che proprio non faccia attività di sorveglianza. Magari due indicatori basati su dati osservati non bastano, ma almeno sappiamo esattamente perché oggi siamo gialli e domani arancioni

Vccines and Communication

 

A brief note on how mass communication is often approaching very delicate issues, such as vaccines, in a very rough way.

Two essential definitions:

Incidence: the ratio between the number of new cases observed over a fixed time-window and the number of people in the reference group (or population).

Prevalence: the ratio between the number of active cases in a given instant of time and the number of people in the reference group (or population)

How is the effectiveness of a vaccine measured? It is measured by the attributable risk. The attributable risk is estimated as (incidence in the placebo group - incidence in the vaccinated group) / (incidence in placebo).

Corriere della Sera (https://www.corriere.it/dataroom-milena-gabanelli/covid-vaccino-quante-probabilita-ci-sono-chi-guarito-ricontagiare-immune-immuni/f1fd386a-42c5-11eb-a388-78033ff67873-va.shtml) offers us an interesting analysis, many numbers, many comments, little statistics. At first glance,  it is to be trusted, especially since it is promoted by Milena Gabanelli. Still, there is something wrong. What's the point of comparing the vaccine's estimated efficacy (the attributable risk) with the number of reinfections (the incidence)? The answer is simple, it doesn't make any sense. It's like comparing pears with fried potatoes.

Even if you want to derive the attributable risk of reinfection, you have to be very careful.

 Indeed, incidence always refers to a specific interval of time. Remark that the 1.8% reinfections reported by the Corriere are not referred to the same interval of time of vaccine evaluation. The attributable risk calculation only makes sense as long as the incidences are calculated over the same time interval, with similar circulation and transmissibility of the virus (therefore in the same geographical area as a minimum). The incidence is not intrinsic to the virus but results from the interaction between it and the population.

The very question posed by the Corriere makes little sense.

A vaccine is evaluated in terms of risks (of adverse events), costs, and benefits. The Pfizer vaccine, which is approved, and the Moderna, which is being approved, are safe and effective vaccines. The benefits in health, social and economic terms are so much greater than the risks that it is useless to even discuss them. Only those who have prejudices, or delusions of conspiracy, can think the opposite. EMA and AIFA are independent bodies that evaluate benefits and risks and then make informed decisions based on scientific evidence.

The Sweden model has largely failed (https://doi.org/10.1093/ectj/utaa025). The way to return to normal is the vaccine. We have just undertaken it, it will take time, but we are sure that we will get out of it.

Vaccini e comunicazione

 

Una breve nota su come la comunicazione di massa stia affrontando in modo spesso approssimativo questioni molto delicate, come quella dei vaccini.

Due definizioni fondamentali.

Incidenza: rapporto fra il numero di nuovi casi osservati in un fissato periodo di tempo e il numero di persone nel gruppo (o popolazione) di riferimento. 

Prevalenza: rapporto fra il numero di casi attivi in un dato istante di tempo e il numero di persone nel gruppo (o popolazione) di riferimento

Come si misura l'efficacia di un vaccino? Si misura con il rischio attribuibile. Il rischio attribuibile si stima come (incidenza nel gruppo placebo - incidenza nel gruppo dei vaccinati)/(incidenza nel placebo). 

Il Corriere della Sera (https://www.corriere.it/dataroom-milena-gabanelli/covid-vaccino-quante-probabilita-ci-sono-chi-guarito-ricontagiarsi-immune-immuni/f1fd386a-42c5-11eb-a388-78033ff67873-va.shtml) ci propone un’analisi interessante, tanti numeri, molti commenti, poca statistica. A prima vista, soprattutto visto che a promuoverla a Milena Gabanelli, c’è da fidarsi. Eppure, c’è qualcosa che non va. Che senso ha confrontare 

l’efficacia stimata del vaccino (il rischio attribuibile) con il numero di reinfezioni (l’incidenza)? La risposta è semplice, non ha alcun senso. E’ come confrontare le pere con la patate fritte.

Anche volendo ricavare il rischio attribuibile di reinfezione, bisogna fare molta attenzione.

 Infatti, l'incidenza si riferisce sempre ad un intervallo di tempo, e quell'1.8% di reinfezioni che riporta il Corriere non è riferito allo stesso intervallo di tempo in cui è stato valutato il vaccino. Il calcolo del rischio attribuibile ha senso solo finché le incidenze sono riferite allo stesso intervallo di tempo, con analoga circolazione e trasmissibilità del virus (quindi nella stessa area geografica come minimo). L'incidenza non è intrinseca al virus, ma è frutto dell’interazione tra questo e la popolazione. 

La domanda stessa che si pone il Corriere ha poco senso.

Un vaccino si valuta in termini di rischi (di eventi avversi), costi, e benefici. Il vaccino Pfizer, approvato, e quello Moderna, in approvazione, sono vaccini sicuri ed efficaci. I benefici in termini sanitari, sociali ed economici sono talmente maggiori dei rischi, che è inutile anche discuterne. Solo chi ha pregiudizi, o manie di complottismo, può pensare il contrario. EMA e AIFA sono organi indipendenti che valutano benefici e rischi, per poi prendere decisioni consapevoli e basate su evidenze scientifiche.

Il modello Svezia ha ampiamente fallito (https://doi.org/10.1093/ectj/utaa025). La via per tornare alla normalità è il vaccino, l’abbiamo appena intrapresa, ci vorrà tempo, ma abbiamo la certezza che ne usciremo.