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martedì 20 aprile 2021

To open or not to open?

 




To open or not to open? "Calculated risk", but by whom and, above all, how? To assess the risk, someone should tell us what the expectations are, with their confidence intervals, for deaths, hospitalizations, change in GDP, number of failed businesses with and without scheduled openings.

Then reading the newspapers, the feeling is that someone is no longer a researcher or a scientist or a politician, but a "closure" or "opener" regardless of the data.

Let's clarify: the novelty is the possibility of passing in the yellow area, slightly lightened by the dinner at the restaurant in open spaces and by the school in the presence (also in orange). It is not an "everything open".

The restrictions are and will always be based on the analysis of data available at the regional level. Making decisions at the provincial level would be the way forward, but who controls them? Seeing Sardinia in the red zone and Calabria in orange raises more than a few doubts about the monitoring system.  But this is another, unfortunately, usual, story of skills that are not used.

How will the infection evolve if the yellow colour is assigned to a region still at risk? We know that we often close late and open too early. We know that in the yellow area, there is the possibility of an increase in infections.

The questions we ask ourselves are two.

1. How much will seasonality affect the evolution of the contagion? We cannot know this based on last year's experience: last year we were in a very different situation. We reopened in the summer after an extended total closure.

2. If the contagion were to spread more in absolute terms, how much will the vaccinations do now affect reducing deaths and hospitalizations? We can quickly expect an increase in the incidence mainly reserved for younger ages, who currently seem to run a greater risk than a year ago.

Analyzing the age distribution of hospitalizations, the infection network, the length of hospitalization, here is what could answer both questions. The data? They are not public. Many are not collected correctly or are not registered at all.

We also ask ourselves how many deaths we will still have to count every day. In this sense, vaccination is protecting the most vulnerable and the elderly. It is still too early to draw conclusions, but the lethality rate has dropped, and the examples of Israel and the UK bode well. Of course, with 300 deaths a day, it is difficult to speak of a return to normal. Given the vaccination rates, it still takes a couple of months to reach a sufficient proportion of first doses, plus the time for immunity, plus the time to see an effect on the death curve.

So? Really, after 15 months spent analyzing the evolution of the epidemic, are there those who are crying out for the re-establishment of the yellow zone? Ok, it will be a slightly different yellow zone. However, let's face it, even the red areas of these last few weeks have been much less red than in the past; indeed, the only red colour was that the restaurants and schools were closed.

The boys/children are often asymptomatic and are sent to school without any fear. It would be enough to do swabs continuously to reduce the risk. Too many costs, too much time? There are ways to reduce costs and time. Process the swabs in groups. Develop risk priority screening strategies. Modulate the screening frequency based on the observed incidence. There is a way to save without reducing the effectiveness of monitoring.

And at the end of it all, if we don't carry out checks, we can stay here and talk as much as we want, but there will never be anyway to contain the contagion.


Riaprire o non riaprire?

 


Aprire o non aprire? “Rischio calcolato”, ma da chi e, soprattutto, come? Per valutare il rischio, qualcuno dovrebbe dirci quali sono le attese, con i loro intervalli di confidenza, per decessi, ospedalizzazioni, variazione di PIL, numero di imprese fallite con e senza le aperture programmate. 
Leggendo poi i giornali, l’impressione è che qualcuno non sia più ricercatore o scienziato o politico, ma “chiusurista” o “aperturista” a prescindere dai dati.
Chiariamo: la novità è la possibilità di passare in zona gialla, leggermente schiarita dalla cena al ristorante in spazi aperti e dalla scuola in presenza (anche in arancione). Non è un “apri tutto”.
Le restrizioni sono e saranno sempre basate sull’analisi dei dati disponibili a livello regionale. Prendere decisioni a livello provinciale sarebbe la strada da seguire, ma poi chi controlla? Certo vedere la Sardegna zona rossa e la Calabria arancione fa sorgere più di qualche dubbio sul sistema di monitoraggio, ma questa è un’altra, purtroppo la solita, storia di  competenze che non vengono utilizzate. 
Come evolverà il contagio se viene assegnato il colore giallo aduna Regione che ancora è a rischio? Sappiamo che, spesso, abbiamo chiuso tardi e aperto troppo presto. Sappiamo che in zona gialla c’è la possibilità di un aumento dei contagi. 
Le domande che ci poniamo sono due. 
1. Quanto inciderà la stagionalità? Questo non possiamo saperlo sulla base dell’esperienza dell’anno scorso: l’anno scorso eravamo in una situazione molto diversa, abbiamo riaperto in estate dopo una lunga chiusura totale. 
2. Se anche il contagio si dovesse diffondere maggiormente in termini assoluti, quanto incideranno le vaccinazioni fatte fino ad ora nel ridurre decessi e ospedalizzazioni? Ci si può facilmente aspettare un incremento dell’incidenza principalmente riservato alle età più giovani, che attualmente sembrano correre un rischio maggiore rispetto ad un anno fa. 
Analizzare la distribuzione per età dei ricoveri, il network di contagio, la durata della degenza, ecco cosa ci potrebbe dare risposte ad entrambe le domande. I dati? Non sono pubblici, molti non vengono raccolti in maniera corretta o non sono registrati affatto. 
Ci interroghiamo anche su quanti morti dovremo ancora contare ogni giorno. In tal senso la vaccinazione sta mettendo al riparo i più fragili e gli anziani. Ancora è presto per trarre conclusioni, ma il tasso di letalità è diminuito, e gli esempi di Israele e UK sono di ottimo auspicio. Certo che con 300 morti al giorno è difficile parlare di ritorno alla normalità. Visti i tassi di vaccinazione un paio di mesi ancora ci vogliono per raggiungere una proporzione sufficiente di prime dosi, più i tempi per l’immunità, più i tempi per vedere un effetto sulla curva dei decessi. 
E allora? Davvero dopo 15 mesi di analisi dell’evoluzione dell’epidemia c’è chi grida allo scandalo per l’istituzione nuovamente della zona gialla? Sì, è vero, sarà una zona gialla un po’ diversa. Però, diciamolo, anche le zone rosse di queste ultime settimane sono state molto meno rosse che in passato; anzi, di rosso c’era solo che i ristoranti e le scuole restavano chiusi.
I ragazzi/bambini sono spesso asintomatici e vengono mandati a scuola senza alcun timore. Basterebbe fare tamponi in modo continuativo per ridurre il rischio. Troppi costi, troppo tempo? Esistono modi per ridurre costi e tempi. Elaborare i tamponi in gruppi. Elaborare strategie di screening per priorità di rischio. Modulare la frequenza di screening in base all’incidenza osservata. Il modo per risparmiare senza ridurre l’efficacia del monitoraggio, c’è.
E alla fine di tutto, se non si fanno controlli a tappeto possiamo stare qui a parlare quanto vogliamo, ma non ci sarà mai alcun modo di contenere il contagio.

lunedì 15 marzo 2021

From the Red Zone

 





"If he has a science degree and says what you want, then that's ok." This sentence contains what happens daily in Italian communication. One has a specific opinion, and one is looking for someone with a proper scientific title ready to support it.

Our work is not like that. We are not here to support the views of some at the expense of others. To be authoritative, research must leave out personal opinions; otherwise, it loses credibility. We, too, and the results of our analyzes are often questioned. It is mostly part of the game. Talking, telling, doing research exposes researchers to criticism and comments.

The highly unpleasant part is that some comments, even from esteemed colleagues, are not carried at the scientific level but go beyond the academic domain to become personal attacks.

Our firm stance on managing epidemic data may reasonably dislike some and can be manipulated by others.

But we are not on that level. In both cases, our contribution is of a practical nature. It wants to lead to targeted interventions for better management of the situation, which remains an emergency. The controversy, the political manipulation, is of no interest to us.

Someone asks us, "what are you proposing?", It is easy to criticize, much more difficult to build.

In recent months, our scientific works (results verified and scrutinized by other technicians) have been (and are being) published in influential journals in the statistical field and beyond. We have built forecasting models that can (could have been) used by policymakers. We are not the only ones (RobBayes, Covistat). The concrete proposals are manifold. For example, unemployed people could be hired to resume contact tracing. Implement rapid monitoring campaigns in schools, administer salivary swabs to students, and process them with the pooled sample testing technique. In this technique, five (or more) swabs are analyzed together in the laboratory.  If the pooled sample is negative, all the individual swabs are negative, and no further analysis is required; if the pooled sample is positive, the five swabs are examined again one by one to identify the positive (s). (a technique that saves a lot of time and money, and that we had proposed, unheard, already a year ago).

Furthermore, it would be appropriate to use university laboratories so as not to further burden public health. Establish surveillance samples managed by Istat, which has all the skills to select and manage them. Again employing the same personnel trained ad hoc and hired for the occasion in the operational management. Create a network of regional laboratories that, in turn, sequencing a large number of positive swabs weekly to determine the effective spread of the variants. In short, the concrete proposals are not lacking at all: for months, the statisticians, all together, tried to raise their voices and made themselves heard. Our group is just a vehicle for this voice.

Yet, some still think it is all based on personal interest, a longing for visibility. Those who know us know that we have a strong sense of institutions. We identify ourselves with the state with the institutions we work for. Like everyone else, we can't wait for this moment to pass to return to our lives, made up of dinners, soccer, sea, mountains, family, tango, aikido, and above all, travel.

And for today from the red zone (of shame), that's all.


Dalla Zona Rossa

 


Se ha una laurea scientifica e dice quello che vuoi, allora va bene”. Questa frase racchiude quello che succede quotidianamente nella comunicazione. Si hanno delle opinioni e si cerca qualcuno titolato pronto a supportarle. 

Il nostro lavoro non funziona così. Non siamo qui a supportare le opinioni di alcuni a discapito di altri. La ricerca per essere autorevole deve lasciar fuori le opinioni personali, altrimenti perde di credibilità. Anche noi e i risultati delle nostre analisi spesso veniamo messi in discussione. Un po’ fa parte del gioco. Parlare, raccontare, fare ricerca ti espone a critiche e commenti. 

La parte meno piacevole è che alcuni commenti, anche di stimati colleghi, non siano posti sul piano scientifico, ma travalichino l’aspetto accademico per diventare attacchi personali. 

La nostra decisa presa di posizione sulla gestione dei dati dell’epidemia è ovvio che non faccia piacere a qualcuno e che invece possa essere strumentalizzata da altri. 

Noi però non ci stiamo. In entrambi i casi, il nostro contributo è di natura pratica, vuole portare ad interventi mirati per una migliore gestione della situazione, che resta emergenziale. La polemica, la strumentalizzazione politica, non è per noi di alcun interesse.

Qualcuno ci chiede “cosa proponete?”,  è facile criticare, molto più difficile costruire.

In questi mesi, i nostri lavori scientifici (argomentazioni verificate e scrutinate da altri tecnici) sono stati e sono in corso di pubblicazione  su riviste importanti in ambito statistico e non solo. Abbiamo costruito modelli di previsione che possono (avrebbero potuto essere) utilizzati dai decisori politici. Non siamo gli unici (RobBayes, Covistat…). Le proposte, concrete, sono molteplici. Si potrebbero, ad esempio,  assumere i disoccupati per riprendere il contact tracing. Realizzare campagne rapide di monitoraggio nelle scuole, somministrando tamponi salivari agli allievi e processandoli con la tecnica del  pooled sample testing, in cui  cinque (o più)  tamponi vengono analizzati insieme in laboratorio: se il pooled sample risulta negativo, significa che tutti i singoli tamponi sono negativi e non occorre fare altre analisi; se il pooled sample  è positivo, si torna ad esaminare i cinque tamponi uno per uno per individuare il (o i) positivo/i.  (una tecnica che fa risparmiare moltissimo tempo e denaro, e che avevamo proposto, inascoltati, già un anno fa). Ancora, sarebbe opportuno usare i laboratori universitari in modo da non gravare ulteriormente sulla sanità pubblica. Istituire dei campioni di sorveglianza, gestiti dall’Istat che ha tutte le competenze per selezionarli e gestirli, sempre impiegando nella gestione operativa degli stessi personale formato ad hoc e assunto per l’occasione. Creare una rete di laboratori regionali che, a turno, sequenzino settimanalmente un elevato numero di tamponi positivi per determinare l’effettiva diffusione delle varianti. Insomma, le proposte concrete non ci mancano affatto: sono mesi che gli statistici, tutti insieme, provano ad alzare la voce e a farsi sentire. Noi siamo solo un mezzo.

Eppure c’è chi ancora pensa che sia interesse personale, brama di visibilità. Chi ci conosce sa che abbiamo uno spiccato senso delle istituzioni, noi ci identifichiamo con lo stato, con le istituzioni per cui lavoriamo. Non vediamo l’ora, come tutti, che questo momento passi per tornare alle nostre vite, fatte di cene, calcetto, mare, montagna, famiglia, tango, aikido, e soprattutto viaggi. 

E per oggi dalla zona rossa (di vergogna) è tutto.


A year has gone by

 





Weekly incidence per 100thousand inhabitants starting from October 2021


A year has gone by since the start of the pandemic. We managed to set up a research group starting from a Facebook chat without  (almost) ever meeting in person. We set up monitoring and forecasting models, verifying their reliability and accuracy, day by day, before making them public. We had them evaluated and commented on by other colleagues, who felt they were valid for publication in prestigious scientific journals. We started national and international collaborations, made a ton of seminars, talked to journalists, and made friends with many beautiful and new people. In short, we started "a pandemonium" to study, propose, imagine solutions and actions in this terrible moment. And we are only 5. In Italy, there are many people of great competence on various subjects (sample design, for example), and they, like us, think, propose, imagine. Brains at work everywhere, some international excellences involved, a truly extraordinary scientific debate. Still, something is not working. There really is something wrong.

With all this intelligence, expertise, and tons of ideas available, what is the only solution currently available to "manage" the epidemic? Lockdown…. Despite this is  (see the plot above) the weekly incidence situation in the Italian regions. The CTS and consequently the government use Rt estimated using Lombardy information at the beginning of March 2020 as a starting point and other methodological "subtleties" that we better not comment on. There is no statistical culture. There is a lack of adequate skills to analyze data. We have proposals. All of us statisticians have been working since March 2020 to make them available to decision-makers. Are you sure that there is no better approach than the use of Rt and a deterministic flow chart to decide on the everyday life of all of us?


Come un anno fa

 







È passato un anno dall’inizio della pandemia. Noi siamo riusciti a mettere in piedi un gruppo di ricerca a partire da una chat di Facebook e senza mai incontrarci di persona (o quasi). Abbiamo messo in piedi modelli di monitoraggio e di previsione verificandone l’affidabilità e l’accuratezza, giorno per giorno, prima di renderli pubblici. Li abbiamo fatti valutare e commentare da altri colleghi, che hanno ritenuto fossero validi per essere pubblicati su riviste scientifiche di prestigio. Abbiamo avviato collaborazioni nazionali e internazionali, fatto un quintale di seminari, parlato con i giornalisti, e fatto amicizia con molte persone belle e nuove. Abbiamo insomma armato “una gran caciara” per studiare, proporre, immaginare soluzioni e azioni in questo momento terribile. E siamo solo 5. In Italia ci sono moltissime persone di grande competenza, su svariati temi (disegno campionario ad esempio) e costoro, come noi, riflettono, propongono, immaginano. Cervelli al lavoro in ogni dove, alcune eccellenze internazionali coinvolte, un dibattito scientifico davvero straordinario. Eppure, qualcosa non funziona. Davvero c’è qualcosa che non va. Con tutta questa intelligenza, competenza e tonnellate di idee a disposizione qual è l’unica soluzione al momento disponibile per “gestire” l’epidemia? Chiudere tutto…. Nonostante questa sia la situazione dell’incidenza settimanale nelle varie regioni. Il CTS e di conseguenza il governo, utilizza Rt stimato usando informazioni relative alla Lombardia a inizio marzo 2020 come punto di partenza e altre “finezze” metodologiche che lasciamo stare. Manca la cultura statistica, mancano le competenze adeguate per analizzare i dati. Proposte ne abbiamo. Tutti noi statistici lavoriamo da tempo per metterle a disposizione dei decisori. Sicuri che non ci sia un approccio migliore che l’uso di Rt e di un diagramma di flusso deterministico per decidere della quotidianità di tutti noi?

mercoledì 3 marzo 2021

Birthday

 




A year ago - on March 3, 2020 - StatGroup-19 was born. It was born spontaneously, without the awareness of a future, not even near. Then, listening to people's confusion and doubts, we tried to understand and explain the epidemic. And a year has passed, quickly. It's time for birthdays, and birthdays are also moments for reflection. A year has passed in which we have studied, written, discussed, criticized, collaborated, published. An intense, tiring, tough year for us as well as for everyone. But there is also the satisfaction of having tried to give a fact reading. To explain reality complexity, foresee and understand how to manage the situation.

It's been a year, and how are we? Reading posts and some newspapers, it seems to be March 2020. But we are in 2021:

  • We have vaccinated almost 1 million people over 80s.
  • We have targeted closures.
  • We know much, much better the virus.

What does not change is the inability to communicate correctly by both the institutions and some newspapers. The pursuit of the headline is paroxysmal, and now if you don't shout "we'll all die", you won't be published. This crying to call "Wolf, wolf", for which the cries were the same in August, and October 2020, did not help perceive fundamental nuances. We are always in the same positions. No, we will not all die. We will have to be careful for a long time to come. We now have all the tools to do this. We will get out of it. Will the economy also emerge? The social fabric? If we can seize the opportunities we have, we could grow instead of collapsing.

We will continue to read the data, make short-term predictions, and write posts every now and then.

Happy birthday to us and to those who read StatGroup-19 😉