Hot Autumn

 

Not too many years ago,  "hot autumn" had a precise meaning in Italy. It was a way of indicating trade union uprisings/demands.

In our day, we are no longer preparing to see workers' revolts. Still, the hot autumn we are preparing to experience is linked to the virus accompanying our daily lives for 18 months now.

Premise: All the indicators, from the incidence to the hospital beds occupancy, are decreasing. A big difference from a year ago, when the first two weeks of September showed a rapid epidemic growth.

Yet, everyone is worried about the arrival of autumn given schools starting and the resumption of indoor activities. And here is that "hot autumn" returns to make its way into the common lexicon. But what will really happen in the next few weeks? Long-term forecasts are always full of uncertainty, making them is a gamble given the variables that come into play. However, we can say something without fear of being wrong: "this autumn will be different from that of 2020".

It is plausible that the reopening of schools, the full resumption of production activities, and public transport under pressure, will help change the infection trend again this year. However, something has changed. Something substantial has changed. Last year the population was fully susceptible to the virus, unprotected by vaccines. We know how the evolution of the epidemic curve depends on three crucial factors:

1. The average number of contacts of each individual.
2. The probability that an infected person will infect another person by increasing infectivity.
3. The time of infectivity of the disease.

Last year we could only check the first term. And to contain the epidemic, we adopted the closure of activities, which made the curve go down slowly.

With the introduction of vaccines, we can affect the likelihood of infecting and the time of infectivity, that is, how long one remains contagious. A study published in Nature (https://www.nature.com/articles/d41586-021-02187-1) tells us that thanks to vaccines, the infectivity time has been halved, from two to a week, and the probability of infecting is very low. Then, although the Delta is more contagious than the original strains, it has a shorter latency time (the incubation period of the disease in which it is spreadable but without symptoms). From an average of six days, it is now four (https://www.nature.com/articles/d41586-021-01986-w). Thanks to the vaccines, the descent of the curve took place much faster.

So are we out of it? No!

We are in that phase in which it is necessary to understand which of the components driving the epidemic will have the most significant weight. Let's imagine one of those beautiful scales with two plates. On the one hand, the number of contacts per person will increase, with the resumption of productive activities and the school (with everything that revolves around the school). On the other hand, the share of vaccinated people will continue to increase. We move towards the so-called population immunity, significantly reducing the likelihood of getting infected in the vaccinated population (the data already demonstrate this). Which way the scales will hang is early to say, but at least in this hot autumn, we have something to counterbalance the increase in the number of contacts.

And then we always remember that "Unreliable predictions about COVID ‐ 19 infections and hospitalizations make people worry" (www.dx.doi.org/10.1002/jmv.27325)

Autunno Caldo

 Non troppi anni fa, l’autunno caldo aveva un significato ben preciso. Si trattava di un modo per indicare le rivolte/rivendicazioni sindacali.

Ai nostri giorni, non ci apprestiamo più a vedere rivolte operaie, ma l’autunno caldo che ci prepariamo a vivere è legato al virus che ormai accompagna giornalmente la nostra vita da 18 mesi.

Premessa: tutti gli indicatori, dall’incidenza all’occupazione dei posti letto, sono in discesa. Una bella differenza rispetto ad un anno fa, in cui le prime due settimane di settembre mostrarono una rapida espansione dell’epidemia.

Eppure, tutti sono preoccupati dall’arrivo dell’autunno, tra scuole e ripresa delle attività al chiuso. Ed ecco che “l’autunno caldo” torna a far breccia nel lessico comune. Ma cosa accadrà realmente nelle prossime settimane? Le previsioni di lungo termine sono sempre ricche di incertezza, farle è un azzardo viste le variabili che entrano in gioco. Qualcosa, però, lo possiamo affermare senza timore: “questo autunno sarà diverso da quello del 2020”.

E’ plausibile che la riapertura delle scuole, la piena ripresa delle attività produttive, i trasporti pubblici sotto pressione, che l’anno scorso fecero da miccia al contagio, potranno contribuire a modificare l’andamento del contagio anche quest’anno. Tuttavia, qualcosa è cambiato. Qualcosa di sostanziale è cambiato. L’anno scorso la popolazione era completamente suscettibile al virus, non protetta dai vaccini. L’evoluzione della curva epidemica sappiamo dipendere da tre fattori cruciali: 1) il numero medio di contatti di ogni individuo; 2) la probabilità che un contagiato infetti un’altra persona facendo aumentare l’infettività; 3) il tempo di infettività della malattia. Lo scorso anno potevamo controllare solo il primo termine. E per contenere l’epidemia abbiamo adottato le chiusure, che hanno fatto scendere la curva lentamente.

Adesso, con l’introduzione dei vaccini, possiamo influire sulla probabilità di contagiare e sul tempo d’infettività, cioè per quanto tempo si rimane contagiosi. Uno studio apparso su Nature (https://www.nature.com/articles/d41586-021-02187-1) ci dice che grazie ai vaccini il tempo di infettività si è dimezzato, da due a una settimana e la probabilità di infettare è molto ridotta. Poi, sebbene la Delta sia più contagiosa dei ceppi originari, ha un tempo più breve di latenza, il periodo di incubazione della malattia in cui si è contagiosi ma senza sintomi: da una media di sei giorni siamo passati a quattro (https://www.nature.com/articles/d41586-021-01986-w). Grazie ai vaccini, così, la discesa della curva è avvenuta molto più velocemente.

E allora ne siamo fuori? No!

Siamo in quella fase in cui c’è da capire quale delle componenti che trainano l’epidemia avrà il peso maggiore. Immaginiamo una di quelle bellissime bilance con due piatti. Da un lato, il numero di contatti per persona aumenterà, con il riprendere delle attività produttive e della scuola (con tutto quello che ruota intorno alla scuola). Dall’altro, la quota di persone vaccinate continuerà ad aumentare, verso la cosiddetta immunità di popolazione, riducendo di molto la probabilità di infettarsi nella popolazione vaccinata (i dati già lo dimostrano). Da che parte penderà la bilancia è presto per dirlo, ma almeno in quest’autunno caldo abbiamo qualcosa per controbilanciare l’aumento del numero di contatti.

E allora ricordiamo sempre che “Unreliable predictions about COVID‐19 infections and hospitalizations make people worry” (www.dx.doi.org/10.1002/jmv.27325)

To open or not to open?

 

To open or not to open? "Calculated risk", but by whom and, above all, how? To assess the risk, someone should tell us what the expectations are, with their confidence intervals, for deaths, hospitalizations, change in GDP, number of failed businesses with and without scheduled openings.

Then reading the newspapers, the feeling is that someone is no longer a researcher or a scientist or a politician, but a "closure" or "opener" regardless of the data.

Let's clarify: the novelty is the possibility of passing in the yellow area, slightly lightened by the dinner at the restaurant in open spaces and by the school in the presence (also in orange). It is not an "everything open".

The restrictions are and will always be based on the analysis of data available at the regional level. Making decisions at the provincial level would be the way forward, but who controls them? Seeing Sardinia in the red zone and Calabria in orange raises more than a few doubts about the monitoring system.  But this is another, unfortunately, usual, story of skills that are not used.

How will the infection evolve if the yellow colour is assigned to a region still at risk? We know that we often close late and open too early. We know that in the yellow area, there is the possibility of an increase in infections.

The questions we ask ourselves are two.

1. How much will seasonality affect the evolution of the contagion? We cannot know this based on last year's experience: last year we were in a very different situation. We reopened in the summer after an extended total closure.

2. If the contagion were to spread more in absolute terms, how much will the vaccinations do now affect reducing deaths and hospitalizations? We can quickly expect an increase in the incidence mainly reserved for younger ages, who currently seem to run a greater risk than a year ago.

Analyzing the age distribution of hospitalizations, the infection network, the length of hospitalization, here is what could answer both questions. The data? They are not public. Many are not collected correctly or are not registered at all.

We also ask ourselves how many deaths we will still have to count every day. In this sense, vaccination is protecting the most vulnerable and the elderly. It is still too early to draw conclusions, but the lethality rate has dropped, and the examples of Israel and the UK bode well. Of course, with 300 deaths a day, it is difficult to speak of a return to normal. Given the vaccination rates, it still takes a couple of months to reach a sufficient proportion of first doses, plus the time for immunity, plus the time to see an effect on the death curve.

So? Really, after 15 months spent analyzing the evolution of the epidemic, are there those who are crying out for the re-establishment of the yellow zone? Ok, it will be a slightly different yellow zone. However, let's face it, even the red areas of these last few weeks have been much less red than in the past; indeed, the only red colour was that the restaurants and schools were closed.

The boys/children are often asymptomatic and are sent to school without any fear. It would be enough to do swabs continuously to reduce the risk. Too many costs, too much time? There are ways to reduce costs and time. Process the swabs in groups. Develop risk priority screening strategies. Modulate the screening frequency based on the observed incidence. There is a way to save without reducing the effectiveness of monitoring.

And at the end of it all, if we don't carry out checks, we can stay here and talk as much as we want, but there will never be anyway to contain the contagion.

Riaprire o non riaprire?

 

Aprire o non aprire? “Rischio calcolato”, ma da chi e, soprattutto, come? Per valutare il rischio, qualcuno dovrebbe dirci quali sono le attese, con i loro intervalli di confidenza, per decessi, ospedalizzazioni, variazione di PIL, numero di imprese fallite con e senza le aperture programmate. 

Leggendo poi i giornali, l’impressione è che qualcuno non sia più ricercatore o scienziato o politico, ma “chiusurista” o “aperturista” a prescindere dai dati.

Chiariamo: la novità è la possibilità di passare in zona gialla, leggermente schiarita dalla cena al ristorante in spazi aperti e dalla scuola in presenza (anche in arancione). Non è un “apri tutto”.

Le restrizioni sono e saranno sempre basate sull’analisi dei dati disponibili a livello regionale. Prendere decisioni a livello provinciale sarebbe la strada da seguire, ma poi chi controlla? Certo vedere la Sardegna zona rossa e la Calabria arancione fa sorgere più di qualche dubbio sul sistema di monitoraggio, ma questa è un’altra, purtroppo la solita, storia di  competenze che non vengono utilizzate. 

Come evolverà il contagio se viene assegnato il colore giallo aduna Regione che ancora è a rischio? Sappiamo che, spesso, abbiamo chiuso tardi e aperto troppo presto. Sappiamo che in zona gialla c’è la possibilità di un aumento dei contagi. 

Le domande che ci poniamo sono due. 

1. Quanto inciderà la stagionalità? Questo non possiamo saperlo sulla base dell’esperienza dell’anno scorso: l’anno scorso eravamo in una situazione molto diversa, abbiamo riaperto in estate dopo una lunga chiusura totale. 

2. Se anche il contagio si dovesse diffondere maggiormente in termini assoluti, quanto incideranno le vaccinazioni fatte fino ad ora nel ridurre decessi e ospedalizzazioni? Ci si può facilmente aspettare un incremento dell’incidenza principalmente riservato alle età più giovani, che attualmente sembrano correre un rischio maggiore rispetto ad un anno fa. 

Analizzare la distribuzione per età dei ricoveri, il network di contagio, la durata della degenza, ecco cosa ci potrebbe dare risposte ad entrambe le domande. I dati? Non sono pubblici, molti non vengono raccolti in maniera corretta o non sono registrati affatto. 

Ci interroghiamo anche su quanti morti dovremo ancora contare ogni giorno. In tal senso la vaccinazione sta mettendo al riparo i più fragili e gli anziani. Ancora è presto per trarre conclusioni, ma il tasso di letalità è diminuito, e gli esempi di Israele e UK sono di ottimo auspicio. Certo che con 300 morti al giorno è difficile parlare di ritorno alla normalità. Visti i tassi di vaccinazione un paio di mesi ancora ci vogliono per raggiungere una proporzione sufficiente di prime dosi, più i tempi per l’immunità, più i tempi per vedere un effetto sulla curva dei decessi. 

E allora? Davvero dopo 15 mesi di analisi dell’evoluzione dell’epidemia c’è chi grida allo scandalo per l’istituzione nuovamente della zona gialla? Sì, è vero, sarà una zona gialla un po’ diversa. Però, diciamolo, anche le zone rosse di queste ultime settimane sono state molto meno rosse che in passato; anzi, di rosso c’era solo che i ristoranti e le scuole restavano chiusi.

I ragazzi/bambini sono spesso asintomatici e vengono mandati a scuola senza alcun timore. Basterebbe fare tamponi in modo continuativo per ridurre il rischio. Troppi costi, troppo tempo? Esistono modi per ridurre costi e tempi. Elaborare i tamponi in gruppi. Elaborare strategie di screening per priorità di rischio. Modulare la frequenza di screening in base all’incidenza osservata. Il modo per risparmiare senza ridurre l’efficacia del monitoraggio, c’è.

E alla fine di tutto, se non si fanno controlli a tappeto possiamo stare qui a parlare quanto vogliamo, ma non ci sarà mai alcun modo di contenere il contagio.

From the Red Zone

 

"If he has a science degree and says what you want, then that's ok." This sentence contains what happens daily in Italian communication. One has a specific opinion, and one is looking for someone with a proper scientific title ready to support it.

Our work is not like that. We are not here to support the views of some at the expense of others. To be authoritative, research must leave out personal opinions; otherwise, it loses credibility. We, too, and the results of our analyzes are often questioned. It is mostly part of the game. Talking, telling, doing research exposes researchers to criticism and comments.

The highly unpleasant part is that some comments, even from esteemed colleagues, are not carried at the scientific level but go beyond the academic domain to become personal attacks.

Our firm stance on managing epidemic data may reasonably dislike some and can be manipulated by others.

But we are not on that level. In both cases, our contribution is of a practical nature. It wants to lead to targeted interventions for better management of the situation, which remains an emergency. The controversy, the political manipulation, is of no interest to us.

Someone asks us, "what are you proposing?", It is easy to criticize, much more difficult to build.

In recent months, our scientific works (results verified and scrutinized by other technicians) have been (and are being) published in influential journals in the statistical field and beyond. We have built forecasting models that can (could have been) used by policymakers. We are not the only ones (RobBayes, Covistat). The concrete proposals are manifold. For example, unemployed people could be hired to resume contact tracing. Implement rapid monitoring campaigns in schools, administer salivary swabs to students, and process them with the pooled sample testing technique. In this technique, five (or more) swabs are analyzed together in the laboratory.  If the pooled sample is negative, all the individual swabs are negative, and no further analysis is required; if the pooled sample is positive, the five swabs are examined again one by one to identify the positive (s). (a technique that saves a lot of time and money, and that we had proposed, unheard, already a year ago).

Furthermore, it would be appropriate to use university laboratories so as not to further burden public health. Establish surveillance samples managed by Istat, which has all the skills to select and manage them. Again employing the same personnel trained ad hoc and hired for the occasion in the operational management. Create a network of regional laboratories that, in turn, sequencing a large number of positive swabs weekly to determine the effective spread of the variants. In short, the concrete proposals are not lacking at all: for months, the statisticians, all together, tried to raise their voices and made themselves heard. Our group is just a vehicle for this voice.

Yet, some still think it is all based on personal interest, a longing for visibility. Those who know us know that we have a strong sense of institutions. We identify ourselves with the state with the institutions we work for. Like everyone else, we can't wait for this moment to pass to return to our lives, made up of dinners, soccer, sea, mountains, family, tango, aikido, and above all, travel.

And for today from the red zone (of shame), that's all.

Dalla Zona Rossa

 

“Se ha una laurea scientifica e dice quello che vuoi, allora va bene”. Questa frase racchiude quello che succede quotidianamente nella comunicazione. Si hanno delle opinioni e si cerca qualcuno titolato pronto a supportarle. 

Il nostro lavoro non funziona così. Non siamo qui a supportare le opinioni di alcuni a discapito di altri. La ricerca per essere autorevole deve lasciar fuori le opinioni personali, altrimenti perde di credibilità. Anche noi e i risultati delle nostre analisi spesso veniamo messi in discussione. Un po’ fa parte del gioco. Parlare, raccontare, fare ricerca ti espone a critiche e commenti. 

La parte meno piacevole è che alcuni commenti, anche di stimati colleghi, non siano posti sul piano scientifico, ma travalichino l’aspetto accademico per diventare attacchi personali. 

La nostra decisa presa di posizione sulla gestione dei dati dell’epidemia è ovvio che non faccia piacere a qualcuno e che invece possa essere strumentalizzata da altri. 

Noi però non ci stiamo. In entrambi i casi, il nostro contributo è di natura pratica, vuole portare ad interventi mirati per una migliore gestione della situazione, che resta emergenziale. La polemica, la strumentalizzazione politica, non è per noi di alcun interesse.

Qualcuno ci chiede “cosa proponete?”,  è facile criticare, molto più difficile costruire.

In questi mesi, i nostri lavori scientifici (argomentazioni verificate e scrutinate da altri tecnici) sono stati e sono in corso di pubblicazione  su riviste importanti in ambito statistico e non solo. Abbiamo costruito modelli di previsione che possono (avrebbero potuto essere) utilizzati dai decisori politici. Non siamo gli unici (RobBayes, Covistat…). Le proposte, concrete, sono molteplici. Si potrebbero, ad esempio,  assumere i disoccupati per riprendere il contact tracing. Realizzare campagne rapide di monitoraggio nelle scuole, somministrando tamponi salivari agli allievi e processandoli con la tecnica del  pooled sample testing, in cui  cinque (o più)  tamponi vengono analizzati insieme in laboratorio: se il pooled sample risulta negativo, significa che tutti i singoli tamponi sono negativi e non occorre fare altre analisi; se il pooled sample  è positivo, si torna ad esaminare i cinque tamponi uno per uno per individuare il (o i) positivo/i.  (una tecnica che fa risparmiare moltissimo tempo e denaro, e che avevamo proposto, inascoltati, già un anno fa). Ancora, sarebbe opportuno usare i laboratori universitari in modo da non gravare ulteriormente sulla sanità pubblica. Istituire dei campioni di sorveglianza, gestiti dall’Istat che ha tutte le competenze per selezionarli e gestirli, sempre impiegando nella gestione operativa degli stessi personale formato ad hoc e assunto per l’occasione. Creare una rete di laboratori regionali che, a turno, sequenzino settimanalmente un elevato numero di tamponi positivi per determinare l’effettiva diffusione delle varianti. Insomma, le proposte concrete non ci mancano affatto: sono mesi che gli statistici, tutti insieme, provano ad alzare la voce e a farsi sentire. Noi siamo solo un mezzo.

Eppure c’è chi ancora pensa che sia interesse personale, brama di visibilità. Chi ci conosce sa che abbiamo uno spiccato senso delle istituzioni, noi ci identifichiamo con lo stato, con le istituzioni per cui lavoriamo. Non vediamo l’ora, come tutti, che questo momento passi per tornare alle nostre vite, fatte di cene, calcetto, mare, montagna, famiglia, tango, aikido, e soprattutto viaggi. 

E per oggi dalla zona rossa (di vergogna) è tutto.

A year has gone by

 

Weekly incidence per 100thousand inhabitants starting from October 2021

A year has gone by since the start of the pandemic. We managed to set up a research group starting from a Facebook chat without  (almost) ever meeting in person. We set up monitoring and forecasting models, verifying their reliability and accuracy, day by day, before making them public. We had them evaluated and commented on by other colleagues, who felt they were valid for publication in prestigious scientific journals. We started national and international collaborations, made a ton of seminars, talked to journalists, and made friends with many beautiful and new people. In short, we started "a pandemonium" to study, propose, imagine solutions and actions in this terrible moment. And we are only 5. In Italy, there are many people of great competence on various subjects (sample design, for example), and they, like us, think, propose, imagine. Brains at work everywhere, some international excellences involved, a truly extraordinary scientific debate. Still, something is not working. There really is something wrong.

With all this intelligence, expertise, and tons of ideas available, what is the only solution currently available to "manage" the epidemic? Lockdown…. Despite this is  (see the plot above) the weekly incidence situation in the Italian regions. The CTS and consequently the government use Rt estimated using Lombardy information at the beginning of March 2020 as a starting point and other methodological "subtleties" that we better not comment on. There is no statistical culture. There is a lack of adequate skills to analyze data. We have proposals. All of us statisticians have been working since March 2020 to make them available to decision-makers. Are you sure that there is no better approach than the use of Rt and a deterministic flow chart to decide on the everyday life of all of us?